项目介绍

课题1标准化合成生物系统动态知识库构建，主要围绕3个研究内容展开，建库标准，建立新型数据库通用标准，设计异构数据库集成中间件，为元件的统一使用提供统一的数据管理；自动化标注-知识图谱，通过对元件数据样本进行图卷积神经网络学习，自动获取样本特征，实现自动化注释与标注，通过知识图谱技术，实现对海量生物元件库进行系统化以及知识表达与提取；智能知识库，通过神经网络等数据挖掘技术构建可计算访问，并可智能化查询、检索与推荐。

研究方案

创新之处

针对传统数学模型难以有效设计复杂合成生物系统的问题，融合深度语义注释学习模型、知识图谱和图神经网络等技术，开发蕴含“预测-挖掘-关联-融合-智能”功能的新型数据库建立方法。通过微藻油脂细胞工厂、固有免疫细胞、人造噬菌体等研究场景，收集公共数据库、公开文献中相关数据，结合相关动态实验数据融入，建立针对转录调控、酶催化和免疫信号转导的相应的语义化、动态更新共融知识库。